La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Estas nuevas aventuras de Naruto Uzumaki corresponden a la segunda parte del anime Naruto, de Masashi Kishimoto. Naruto, tras dos años y medio de duro entrenamiento con Jiraiya, regresa a Konoha y se reencuentra con sus viejos amigos. Naruto y sus amigos ya son adolescentes y, como ellos, sus poderes también han crecido. Además, Naruto piensa que tiene nuevas pistas sobre el paradero de su mejor amigo Sasuke, y decide salir en su búsqueda acompañado de Sai, un nuevo amigo que tiene la habilidad de traer a la vida todo lo que dibuja. Cuando lo encuentran, Sasuke está completamente cambiado por su relación con Orochimaru.